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增值税税率不同 2019年起一般纳税人的增值税税率有4档：13%、9%、6%、0；小规模纳税人增值税没有税率，只有一个征收率3%，特殊行业是5%。
计税方式不同 一般纳税人增值税抵扣计算=销项税额-进项税额-减免税额=应纳增值税；小规模纳税人增值税直接计算=收入*征收率3%。
使用发票不同 一般纳税人可以自行开具增值税专用发票和增值税普通发票，也可以开具4档税率的增值税发票，同时收票方也能抵扣13%-6%的进项税额；小规模纳税人只能自行开具增值税普通发票，收票方不能抵扣进项税额；小规模需要开具专用发票时，需要去税局才能开具，只能开具3%的专票。
税收优惠不同 一般纳税人在增值税方面一般很少有优惠征策；2019年起小规模纳税人在增值税方面可以享受：季度收入30万以免交增值税的优惠征策，同时附加税减半征收入的征策。
认定方式不同 新成立的企业，如果没有去选择申请一般纳税人，就自动认定为小规模纳税人；一般纳税人需要去申请才能认定，认定方式有两种：一是有固定办公场所，可以去申请认定，别外一种是销售额超过了500万，也可能去申请认定。
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申报方式不同 一般纳税人都是按月申报，并且增值税要在特定的系统内才能申报；小规模纳税人可以选择按月申报，也可以选择按季申报，增值税不需要特定的系统就可以完成申报工作了。