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1、所覆盖的对象不同。
职工医疗保险是城镇所有用人单位。
新农合必须是有农村户口才可以办理。
2、缴费主体不同。
职工医疗保险主体是用人单位和社会成员个人。
新型农村合作医疗制度主体是农民。
3、缴费方式不同。
医疗保险具有强制性，是单位和职工共同缴纳的，并需要缴纳时间达到一定的年限。
新型农村合作医疗是农民自愿参加，而且必须以家庭为单位整户参加。
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4、医保，有城镇职工医保和城镇居民医保。
城镇职工是按工资比例缴纳医保费用，标准为5.5%和10%。
城镇居民是按固定标准缴纳医保费用，一般为120元左右。
农合，是新型农村合作医疗的简称，农民也是按固定费用缴纳医保费用。