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茄子整枝打杈的时期一般宜在植株封行之前，以门茄开始开花时最佳。门茄节位以下的各叶腋的潜伏芽萌芽生侧枝，及时将侧枝和腋芽全部摘除干净，每隔2～3天1次，连续进行2～3次。常用整枝方法有单秆、双秆、改良双秆、三秆以及四秆整枝法。
1、单秆整枝法。
将门茄以下的侧枝全部打掉，仅保留主茎作为结果枝，一条侧枝上结果后，保留2～3片叶摘心。单秆整枝法适合密植，早期结果多；但用苗量大，植株容易发生早衰。
2、双秆整枝法。
留主茎和一个侧枝，每枝留1个果，每层共留2个茄子。在主茎和侧枝上再长出的各级分枝只留其中一条粗壮侧枝开花结果，循环交替每枝各留1个茄子。当植株长到满天星茄5层果时，在枝秆的上部留2～3片心叶，将顶部生长点摘掉，其余侧枝和植株上的病叶、老叶一并摘除干净。双秆整枝法植株的营养供应比较集中，果实发育比较好，商品果率高，适宜于生长旺盛、株型较高、叶片较大的中晚熟品种。
3、改良双秆整枝。
在双秆整枝的基础上，选留门茄以下的一个侧枝结1个茄子，挂果后在该枝秆的顶部留2片心叶后，摘除生长点和其余侧枝。其后按双秆整枝法进行整枝。这种整枝法可以充分利用棚室内的温、光资源，可使植株早结果、多结果，提高茄子早期产量，增加经济效益。
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4、三秆整枝法。
除留主茎外，在主茎上第一花序下的第一和第二叶腋内抽生的两个较强大的侧枝都加以保留，连主茎共为三杈，其余的基部侧枝一律摘除。经打杈后的植株，从对茄开始，主茎与侧枝相互交替留3个枝，即这层主茎留2个分枝，侧秆留1个分枝；下一层主茎留1个分枝，侧秆留2个分枝。每枝结1个茄子，每层共结3个茄子。这样循环交替留3个枝，并将其余的侧枝全部打掉。植株长到满天星茄5层果时，及时在3个枝秆的顶部留心叶2～3片，将顶部生长点全部摘除，其余侧枝也全部摘掉。每隔2～3天1次，连续2～3次。同时清除植株下部的老叶和病叶，保持良好的通风透光的环境。三秆整枝法结果多，适用于植株矮小、叶片较细长、定植密度大的早熟品种。
5、四秆整枝法。
选留主茎和3条一级侧枝，各枝条上再长出的侧枝选留其中的一条粗壮枝开花结果，其余的摘除。四秆整枝法的植株根系发达，生长期长，有利总产提高，但单株留枝数多，株内通风透光差，种植密度小，早期产量偏低。