1、形态不同。
裸子植物:种子裸露,没有皮包裹,裸子植物它们有胚珠(不同于蕨类植物门),但心皮不包成子房,且胚珠裸露,胚乳(即雌性原叶体)在受精前已形成(不同于被子植物门)。
被子植物:被子植物种子是由果皮包裹着的。
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2、种子胚数不同。种子胚数不同。
被子植物种子内通常只有一个胚,裸子植物大多数种子内有强烈的多胚现象。
3、花不同。
裸子植物,有孢子叶球,而无真正的花。
被子植物,具有真正的花,被子植物在形态上具有不同于裸子植物所具有的孢子叶球的花。