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二者均选配Mali-G78图形图像处理器，只不过麒麟9000采用的是24核心版本，而麒麟9000E则为22核心。
麒麟9000的NPU部分采用2个大核+1个微核的组合，麒麟9000E则为1个大核+1个微核的组合。
总体来看，麒麟9000E就是麒麟9000的“青春版”，CPU、基带、ISP等都未做调整，主要是GPU和NPU做了变动。
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不过， 搭载麒麟9000E的华为Mate40标准版在国内并未主推，大家能抢到的，直接就是搭载麒麟9000的Mate 40 Pro了。