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微信商家收款是要收取手续费的。就和淘宝的支付宝支付一样是需要收取第三方支付费用的，微信商家收款手续费费率最低为0.6%最高为2%，收费的具体费率情况与交易的产品类型有关系。
另外申请微信支付还有要求，第一你需要根据不同行业缴纳不同的保证金，保证金最低为5万。需要相关行业的相关证件。另外需要您的公众号服务号，并且认证通过。
获得的《微信支付类目及费率对照表》，对接入微信支付的商户，微信将收取5万保证金以及0.6%~2%不等的支付手续费费率。微信将给商户开设专属的财付通账号，交商户自己管理，商户自己将保证金放进财付通账号，由微信/财付通冻结。
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而在账期方面，微信采取的是T+3结算周期。与支付宝不同，微信支付是即时到账模式，非担保交易，买家付款后，资金直接进入卖家财付通账户，3天后可结算、提现。
据了解，5万的保证金与其它电商平台相比并不算高，天猫商户入驻的保证金大致分为5万、10万、15万3档，而京东的商户入驻保证金分为1万、3万、5万、10万等几档。