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1、鸡爪菌。这种菌类是一种危害比较严重的寄生性的病原真菌，主要是发生在自实体形成和生长的时期中，因为其子实体就像鸡爪似的而得名鸡爪菌。那鸡腿菇菌丝生长的过程中，受到土壤当中的病源菌丝所侵扰，二者相结合，并且生长，从而产出鸡爪菇。
2、褐斑病。褐斑病主要是会危害鸡腿菇的，自噬体的表面组织也不会深入道君肉之内，发病的时候，子实体的菌盖儿或者是菌柄上会出现褐色的病斑，而随着病情的不断发展和扩大，最后导致整个子实体变成褐色。
3、腐烂病。腐烂病是常见的一种细菌性的病害，主要会危害鸡腿菇的姿势体，而在此时体形成初期的时候，发病的姿势体变成褐色，导致后来菌盖变黑腐烂，只留下菌柄。高温高湿，通风不良的环境当中，此病的发病率比较高，而且在夏季，因为是反季节栽培，所以也是很容易感染此病。
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