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大脑对人体的主动控制能力非常有限，几乎仅限于骨骼肌。大脑完全无法主动控制平滑肌和心肌的运动，更不要说细胞级的精细控制。但在极端情况下大脑是可以对这些细小单位施加影响的。神经系统在控制骨骼肌运动的时候，并不需要（也不可能）对人体所有的微小结构进行事无巨细的操纵。它的主要方式是驱动神经元细胞产生神经脉冲，然后这些脉冲会驱动骨骼肌收缩，进而产生运动所需要的力。另外需要指出一个有点惊人的事实：大脑很慢”！骨骼肌的运动控制是一项对时效性要求很高的任务，如果肢体中产生的感知信号必须传回大脑、经过处理、再转化成神经脉冲传回肌肉，往往已经超时了。所以如果深入研究的话，会发现很多运动控制的功能是在小脑和脊髓中完成的，这些子系统虽然不如大脑的复杂程度高，但信号延时和处理速度却远远强于大脑。
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