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培养目标不同：专硕以专业实践为导向，重视实践和应用，培养在专业和专门技术上受到正规的、高水平训练的高层次人才。学硕按学科设立，以学术研究为导向，偏重理论和研究，培养大学教师和科研机构的研究人员。
培养方式不同：专硕课程设置以实际应用为导向，以职业需求为目标，注重培养学生研究实践问题的意识和能力。在学习过程中，要求有为期至少半年的实践环节，实践学分比重较学术学位更大。学硕课程设置侧重于加强基础理论的学习，重点培养学生从事科学研究创新工作的能力和素质。
学制不同：专硕一般2—3年。学硕一般3年。
报考条件不同：专硕部分专业报考要求和学术硕士相同，但其中的工商管理、公共管理、工程管理、旅游管理、工程硕士中的项目管理、教育硕士中的教育管理、体育硕士中的竞赛组织专业，报考条件为：大学本科毕业后，有三年以上工作经验的人员；或获得国家承认的高职高专毕业学历后，有五年以上工作经验，达到与大学本科毕业生同等学力的人员；或已获硕士学位或博士学位并有两年以上工作经验的人员。学硕：1.国家承认学历的应届本科毕业生及自学考试和网络教育届时可毕业本科生，录取当年9月1日前须取得国家承认的本科毕业证书。2.具有国家承认的大学本科毕业学历的人员。3.获得国家承认的高职高专毕业学历后满两年（从毕业后到录取当年9月1日）或两年以上的，以及国家承认学历的本科结业生，符合招生单位根据本单位的培养目标对考生提出的具体学业要求的人员，按本科毕业生同等学力身份报考。4.已获硕士、博士学位的人员。
学费标准不同：专硕按不高于本校现行普通专业学术型自筹经费研究生收费标准确定。学硕原则上每年硕士生不超过8000元，博士生不超过1万元。
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招生专业不同：专硕招生专业比较有针对性，仅包括金融、应用统计、税务等共计40个专业。学硕招生专业包括哲学、经济学、法学、理学、工学、医学等13大学科及其下设的一级学科、二级学科涵盖所有的专业方向。
调剂要求不同：一般学硕可以调剂到专硕，但专硕不能调剂到学硕。