北京南站进站口在地上二层的东西两侧。
北京南站共有5层,依次为:高架候车厅、站台轨道层、换乘大厅、地铁4号线和地铁14号线站台。地上2层,地下3层,站台位于地面层。高架候车层在地上二层,中央为独立的候车室,四个角设有售票办公楼,东西两侧是进站大厅,自北向南依次为各候车区。
它可容纳1.05万人同时候车。车站共设置了84台窗口售票机和39台自动售票机。检票进站全部由自动验票系统控制。
北京南站的主站房以天坛鸟瞰效果为基本形状,整个建筑外形呈扇贝状,其最高点标高40米。
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地面层为铁路站台层,共设13个站台,24股道,地下一层为整个车站的换乘空间,面积119940平方米,在这一层,旅客可以自由选择地铁、公交、社会车辆出站。地下二层为地铁4号线。地下三层为地铁14号线。