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葵花籽没有转基因的。
目前用于做瓜子的向日葵主要是杂交品种，另有极少部分传统品种，没有转基因品种。
葵花籽的杂交是三系，即不育系（母本）、恢复系（父本）、保持系（保持母本不育性状）。转基因是指将植物的优良遗传性状转移到育种亲本植物体内。目前葵花籽三系未能实现转基因技术。
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但是油葵（榨油用的葵花籽）中有“美葵“是转基因的，它的产量高，个大匀称，整齐一致，收购价高。据中国坚果炒货委员会统计，平均每公斤“美葵”比“国葵”收益高0.5~1元。“国葵”由于常规品种退化问题没有得到及时有效的改良，植株高矮不一、果实外观不整齐，亩产低，从而削弱了自身的竞争力。