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患系统性疾病的患者易发生口腔溃疡，主要是通过影响免疫系统而致病。口腔溃疡与胃溃疡、十二指肠溃疡、溃疡性结肠炎、局限性肠炎、肝炎等有关。研究表明：30%-48%的口腔溃疡患者有消化道疾病，如腹胀、腹泻或便秘等情况。其中9%以上有消化道溃疡。
如缺乏微量元素锌、铁，缺乏叶酸、便秘等情况。其中9%以上有消化道溃疡。
如缺乏微量元素锌、铁，缺乏叶酸、维生素B12以及营养不良等，可降低免疫功能，增加复发性口腔溃疡发病的可能性。
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还有一种原因是因为感染造成的，有几种病毒在口腔里面会起到一定的感染的作用，容易引起口腔溃疡，比如链球菌。