明朝时吐蕃地区已经进入明朝版图,不再是两个政权的关系,而是中央和地方的关系。
明朝设乌斯藏都司管理西藏地区乌思藏都指挥使司,简称乌思藏都司,是中国明朝对今西藏自治区除昌都地区以外的大部分地区以及锡金,不丹的最高军政管辖机构。
洪武五年乌思藏内附,六年置乌思藏卫今拉萨武五年乌思藏内附,六年置乌思藏卫今拉萨,属西安行都司。七年改置乌思藏都指挥使司,治所乌思藏。明朝政府还采取僧官制度,封喇嘛教僧人为卫所的指挥使,同知,通判等官。最高僧官为法王,任乌思藏都指挥使,实行世袭制。
因此吐蕃地区与明朝中央政府是隶属关系,此关系一直维持到万历,崇祯时期。
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