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免疫因素有至少一半的流产与孕妈免疫失调有关，对胚胎发生免疫排斥最终导致流产。在生殖免疫检查方法还没有以前，检查结果几乎是“未发现异常”，所以得不到相应的治疗。在免疫异常习惯性流产的女性身上，检测不出这种抗体，缺乏这类抗体，孕妈对胚胎不能进行保护而遭排斥，所以才导致流产。
胚胎异常因素胚胎的染色体数目异常，或结构出现异常，就会导致胚胎发育异常，这是习惯性流产最常见的原因。环境、辐射、药物、自然变异，都可导致胚胎遗传异常而引起流产。
环境及不良生活习惯熬夜、喝酒、吸烟，接触有毒物质、噪音、震动、高温环境等都可导致胎宝宝受损。
多次人流手术流产后过早开始性生活，且无避孕措施，意外妊娠而被迫选择再次流产，造成子宫内膜损伤发生习惯性流产。
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男方精液异常男方精液量、精子浓度、a/b级精子百分率、畸形精子百分率等均与习惯性流产的产生密切相关。
黄体功能不全孕前黄体功能不全症状会表现为月经周期缩短、经前点滴出血，经量正常或稍多。这些症状常见，在导致习惯性流产前通常不被警觉，有时还要基础体温测定和血浆激素水平测定或者诊刮术来进行诊断。
感染引起习惯性流产感染因素中最关注的是TORRCH综合症，孕期感染风疹病毒、巨细胞病毒、单纯疱疹病毒或弓形虫等病原体，这些微生物可通过胎盘感染胚胎，造成配体发育畸形、流产或死胎。另一种常见的支原体感染，也增加了自然流产的危险性。