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毛霉是生产毛豆腐的主要菌种。毛豆腐是自然发酵后才有的菌落，并非菌种植入。
毛霉能分泌蛋白酶，将蛋白质分解生成氨基酸和多肽等，使食品具有独特的风味和细腻的质地。毛豆腐的制作工艺与腐乳相似，而关于腐乳的降血压功能已有多个研究报告。已有研究者研究日本腐乳和中国腐乳的ACE抑制活性。
上好的毛豆腐生有一层浓密纯净的白毛，上面均匀分布有一些黑色颗粒，这是孢子毛豆腐是徽州地区（今安徽省黄山市一带）的特色传统名菜，是通过以人工发酵法，使豆腐表面生长出一层白色茸毛。由于豆腐通过发酵后使其中植物蛋白转化成多种氨基酸，故经烹饪后味特鲜。
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