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区别有三：
1、学费不一样。在职的比较贵，不享受国家给的补助等。
2、入学门槛不一样的。国家统招的研究生要参加国家的研究生入学考试，政治、外语、数学+专业课考试，分数线比较高。在职硕士研究生不用参加国家统一考试，只要满足报名条件，参加学校自主出题的考试就行，考试难度士研究生不用参加国家统一考试，只要满足报名条件，参加学校自主出题的考试就行，考试难度比国家的统考难度低。属于宽进严出的，毕业时也是要进行毕业论文答辩啥的。
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3、毕业时拿到的证数量不一样。在职只有国家统一发的硕士研究生学位，没有毕业证。国家统考的硕士研究生毕业学位证和毕业证都有。