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方法一：采用三日疗法治疗，即口服复方磺胺甲基异恶唑;或氧氟沙星;或左氧氟沙星。由于单剂量疗法的疗效不如三日疗法好，现在为止就不应用这个方法了。对于致病菌对磺胺甲基异恶唑耐药率高达10%～20%的地区，可采用呋喃妥因治疗。
方法二：使用抗生素治疗14天，对于轻症急性肾盂肾炎患者使用高效抗生素疗程可缩短至7天。那些症状比较轻的人，可采用口服喹诺酮类药物治疗，如果致病菌对复方磺胺甲基异恶唑敏感，也可以口服的药物。如果致病菌是革兰阳性菌，可以单用阿莫西林或阿莫西林/克拉维酸钾治疗。
方法三： 复杂性尿路感染的治疗方案取决于疾病的严重程度。除了抗菌药物治疗外，还需同时处理泌尿系统解剖功能异常以及治疗合并的其他潜在性疾病，若有必要还需营养支持治疗。要是身体病得很严重的话，通常需要住院治疗。首先应该及时有效控制糖尿病、尿路梗塞等基础疾病，必要时需要与内分泌科等相关专业医生共同治疗，否则，单纯使用抗生素治疗很难治愈本病。其次，根据经验静脉使用广谱抗生素治疗。在用药期间，应该及时根据病情变化和/或细菌药物敏感试验结果调整治疗方案，部分患者尚需要联合用药，疗程至少为10～14天。
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