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孔雀石绿是人工合成的有机化合物，属于三苯甲烷型的绿色染料。有很多用途，比如：
1、染料。孔雀石绿可用作丝绸、皮革和纸张的染料，也可用作生物染色剂，把细胞或细胞组织染成蓝绿色，方便在显微镜下研究。
2、杀菌剂。孔雀石绿可用作治理鱼类或鱼卵的寄生虫、真菌或细菌感染，对付真菌特别有效，也可用作抑菌剂或杀阿米巴原虫剂。
3、细菌多醣体试剂。可用于植物病毒感染的宿主细胞染色，细菌、芽胞染色，红细胞、蛔虫卵染色。
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4、临床诊断试剂。可用于测定无机磷酸盐。
5、光度测定。用作镓、钽、锑的钨的催化光度测定。
6、酸碱指示剂。酸性条件下显示黄绿色，碱性条件下显示蓝绿色。