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辣椒烂根在发现病株及时拔除销毁，其他植株加以药物防治，以预防为主，防治为辅。辣椒烂根防治技术：合理选择苗床：苗床应选择地势高燥、避风向阳、排灌方便、土壤肥沃、透气性好的无病地块。为防止苗床带入病菌，应施用腐熟的农家肥。
苗床处理：播前苗床要充分翻晒，旧苗床应进行苗床土壤处理。常用。
苗床处理：播前苗床要充分翻晒，旧苗床应进行苗床土壤处理。常用百分之五十多菌灵可湿性粉剂每平方米苗床8到10克，加细土5000克，混合均匀。取1三分之一药土作垫层，播种后将其余三分之二药土作为覆盖层。
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种子消毒：用百分之四十甲醛100倍液浸种30分钟后冲洗干净或