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1、最重要最大的区别——规培
医学专硕在读期间直接下临床进行三年住院医师规范化培训，即规培与硕士研究生教育同时进行。
医学学硕，如果毕业后要从事临床工作，一般来说需要另外进行三年住院医师规范化培训，除非不在公立医院工作，而且，所在医院不要求规培才可以免去规培，这样的工作，比如医馆、医堂等等之类。
2、证书
专硕顺利毕业后拿到的证书有：毕业证、规培证、硕士学位证、执业医师证四张，也就是通常所说的四证合一。
学硕顺利毕业后可以拿到除去规培证外的三张证书，也就是意味着学硕将来要从事临床，需要先进行三年规培，有三年的时间只能拿规培工资。
3、初试
专硕研究生初试为全国统一命题，内容在以往医学综合六科的基础上增加医学职业道德、伦理、卫生法学以及临床技能的内容，具体增加的内容还需要等九月份大纲出来才能确定。
而学硕内容大体没变，医学综合依然是考传统的六个科目，变化的是，从17届考研开始由院校自主命题，也就是说，目标院校出题(比如，一同学是A院校的，打算考B院校的学硕，那初试的题目就是都是由B院校出的)，也就意味着，学硕对于本校考生会比较有利!
4、复试
专硕复试的时候更加重视专业和临床技能的考核，会专门设置一个临床技能考核。
学硕则更倾向于专业和科研思维的考核，基本无临床技能考核。
当然，也不是所有院校都是这样，比如南京中医药大学，专硕学硕都是要进行临床技能考核，学硕要求一般会比较低些。具体还得看各院校实际安排。
5、专业代码
学硕的专业代码是100开头，专硕的专业代码是105开头。举个例子：中医内科学专业学位的代码是：105701;中医内科学学术型学位：100506。
6、导师
专硕：由于开学后即下临床进行住院医师规范化培训，进行临床全科室轮科，因此与导师见面的时间很少，交流也会少很多，目前了解到的是第三年才在本科室轮转，也就是说第三年的时候才会跟导师的接触多一些。
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学硕：学硕将会从一开始就可以跟导师做实验，做课题，与老师接触多，一般是课题做完就可以开始跟老师门诊学习了。