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对于除了心肌细胞以外的体细胞，有氧呼吸总共可以产生36个ATP分子。心肌细胞因为具有苹果酸穿梭从而可以产生另外2个ATP分子，总计38个ATP分子。
动物细胞有氧呼吸分为三个阶段：
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第一阶段发生在细胞质基质，称为“糖酵解”，这一过程与无氧呼吸的第一阶段相同，消耗2个ATP分子，产生4个ATP分子，净产生2个ATP分子。
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第二阶段和第三阶段在线粒体内进行，其中第二阶段无ATP产生，的三阶段因为有氧气加入参与反应，可以产生大量（34个）ATP分子。