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基因突变的原因有外部因素和内部因素。外部因素包括x射线、激光、紫外线、伽马射线等。内部因素是DNA复制过程中，基因内部的脱氧核苷酸的数量、顺序、种类发生了局部改变从而改变了遗传信息。
基因突变是什么引起的1、外部因素：
（1）物理因素：x射线、激光、紫外线、伽马射线等。
（2）化学因素：亚硝酸、黄曲霉素、碱基类似物等。
（3）生物因素：某些病毒和细菌等。
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2、内部因素：DNA复制过程中，基因内部的脱氧核苷酸的数量、顺序、种类发生了局部改变从而改变了遗传信息。
基因突变在哪个时期发生基因突变可以发生在发育的任何时期，通常发生在DNA复制时期，即细胞分裂间期，包括有丝分裂间期和减数分裂间期；同时基因突变和脱氧核糖核酸的复制、DNA损伤修复、癌变和衰老都有关系，基因突变也是生物进化的重要因素之一，所以研究基因突变除了本身的理论意义以外还有广泛的生物学意义。基因突变为遗传学研究提供突变型，为育种工作提供素材，所以它还有科学研究和生产上的实际意义。