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1、形态特征不同
黑豆形态特征：黑豆呈肾形或类圆形1表面黑红色或紫红色，有光泽，种皮薄而脆，较易破碎。种仁黄白色，气弱、味甘、性平、无毒。显微鉴别：种皮外层细胞全部石细胞化，多角形或稍长，大小均匀，壁厚，孔沟极细密，胞腔较大。
黄豆形态特征：荚果肥大，长圆形，稍弯，下垂，黄绿色，长4-7.5厘米，宽8-15毫米，密被褐黄色长毛；种子2-5颗，椭圆形、近球形，卵圆形至长圆形，长约1厘米，宽约5-8毫米，种皮光滑，淡绿、黄、褐和黑色等多样，因品种而异，种脐明显，椭圆形。花期6-7月，果期7-9月。
2、生长特性不同
黑豆生长特性：适应性强，耐旱、耐瘠、耐盐碱。
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黄豆生长特性：性喜暖，种子在10-12℃开始发芽，以15-20℃最适，生长适温20-25℃，开花结荚期适温20-28℃，低温下结荚延迟，低于14℃不能开花，温度过高植株则提前结束生长。
3、资源分布不同
黑豆资源分布：我国各地都有黑豆生产。我国黑豆资源丰富，类型多种多样，有些名贵的黑豆品种至今尚在生产上利用，如江苏的泰兴黑豆，属长江流域早熟春大豆，表现早熟、高产、适应性强，至今仍是国家大豆区域试验南方早熟春豆组的对照品种。丹东药黑豆为青子叶黑大豆，粒大，品种优，营养价值高。
黄豆资源分布：大豆原产中国。中国各地均有栽培，以黑龙江大豆最为著名，亦广泛栽培于世界各地。