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基本原则 纳税人应当如实申报应缴纳的土地增值税税额，保证清算申报的真实性、准确性和完整性。税务机关应当为纳税人提供优质纳税服务，加强土地增值税政策宣传辅导。主管税务机关应及时对纳税人清算申报的收入、扣除项目金额、增值额、增值率以及税款计算等情况进行审核，依法征收土地增值税。
征管方式 《中华人民共和国土地增值税暂行条例实施细则》第十六条规定，纳税人在项目全部竣工结算前转让房地产取得的收入，由于涉及成本确定或其他原因，而无法据以计算土地增值税的，可以预征土地增值税，待该项目全部竣工、办理结算后再进行清算，多退少补。
清算条件 纳税人符合下列条件之一的，应进行土地增值税的清算。（一）房地产开发项目全部竣工、完成销售的；（二）整体转让未竣工决算房地产开发项目的；（三）直接转让土地使用权的。对符合以下条件之一的，主管税务机关可要求纳税人进行土地增值税清算。（一）已竣工验收的房地产开发项目，已转让的房地产建筑面积占整个项目可售建筑面积的比例在85%以上，或该比例虽未超过85%，但剩余的可售建筑面积已经出租或自用的；（二）取得销售（预售）许可证满三年仍未销售完毕的；（三）纳税人申请注销税务登记但未办理土地增值税清算手续的；（四）省（自治区、直辖市、计划单列市）税务机关规定的其他情况。对前款所列第（三）项情形，应在办理注销登记前进行土地增值税清算。
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清算期限 对于符合清算条件，应进行土地增值税清算的项目，纳税人应当在满足条件之日起90日内到主管税务机关办理清算手续。对于符合第二种清算条件，税务机关可要求纳税人进行土地增值税清算的项目，由主管税务机关确定是否进行清算；对于确定需要进行清算的项目，由主管税务机关下达清算通知，纳税人应当在收到清算通知之日起90日内办理清算手续。应进行土地增值税清算的纳税人或经主管税务机关确定需要进行清算的纳税人，在上述规定的期限内拒不清算或不提供清算资料的，主管税务机关可依据《中华人民共和国税收征收管理法》有关规定处理。
清算单位 土地增值税清算应该以国家有关部门审批的房地产开发项目为单位进行清算。对于分期开发的项目，以分期项目为清算单位。如果开发项目中同时包含普通住宅和非普通住宅的，应分别计算增值额。
清算资料 纳税人清算土地增值税时应提供的清算资料。（一）土地增值税清算表及其附表（参考表样见附件，各地可根据本地实际情况制定）。（二）房地产开发项目清算说明，主要内容应包括房地产开发项目立项、用地、开发、销售、关联方交易、融资、税款缴纳等基本情况及主管税务机关需要了解的其他情况。（三）项目竣工决算报表、取得土地使用权所支付的地价款凭证、国有土地使用权出让合同、银行贷款利息结算通知单、项目工程合同结算单、商品房购销合同统计表、销售明细表、预售许可证等与转让房地产的收入、成本和费用有关的证明资料。主管税务机关需要相应项目记账凭证的，纳税人还应提供记账凭证复印件。（四）纳税人委托税务中介机构审核鉴证的清算项目，还应报送中介机构出具的《土地增值税清算税款鉴证报告》。
征收方法 （1）增值额未超过扣除项目金额50%部分，税率为30%；（2）增值额超过扣除项目金额50%，未超过扣除项目金额100%的部分，税率为40%；速算扣除系数为5%；（3）增值额超过扣除项目金额100%，未超过扣除项目金额200%的部分，税率为50%；速算扣除系数为15%；（4）增值额超过扣除项目金额200%的部分，税率为60%；速算扣除系数为35%；(5)房地产企业建设普通住宅出售的，增值额未超过扣除金额20%的，免征土地增值税。 财法字[1995]第6号《中华人民共和国土地增值税暂行条例实施细则》第十一条规定。其计算公式为：应纳税额=增值额×适用税率－扣除项目金额×速算扣除系数征收办法。
国家法律规定 第一条 为了规范土地、房地产市场交易秩序，合理调节土地增值收益，维护国家权益，制定本条例。第二条 转让国有土地使用权、地上的建筑物及其附着物(以下简称转让房地产)并取得收入的单位和个人，为土地增值税的纳税义务人(以下简称纳税人)，应当依照本条例缴纳土地增值税。第三条 土地增值税按照纳税人转让房地产所取得的增值额和本条例第七条规定的税率计算征收。第四条 纳税人转让房地产所取得的收入减除本条例第六条规定扣除项目金额后的余额，为增值额。第五条 纳税人转让房地产所取得的收入，包括货币收入、实物收入和其他收入。第六条 计算增值额的扣除项目：(一)取得土地使用权所支付的金额;(二)开发土地的成本、费用;(三)新建房及配套设施的成本、费用，或者旧房及建筑物的评估价格;(四)与转让房地产有关的税金;(五)财政部规定的其他扣除项目。第七条 土地增值税实行四级超率累进税率：增值额未超过扣除项目金额50%的部分，税率为30%。增值额超过扣除项目金额50%、未超过扣除项目金额100%的部分，税率为40%。增值额超过扣除项目金额100%、未超过扣除项目金额200%的部分，税率为50%。增值额超过扣除项目金额200%的部分，税率为60%。第八条 有下列情形之一的，免征土地增值税：(一)纳税人建造普通标准住宅出售，增值额未超过扣除项目金额20%的;(二)因国家建设需要依法征用、收回的房地产。