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大体上可分为酒化菌又名酵母菌、糖化菌又名丝状菌和细菌3大类。
酒化菌：酿酒工业中常用的有1、啤酒酵母:分为上面酵母和下面酵母;2、啤酒酵母的变种；3、裂殖酵母；4、生香酵母。
糖化菌：可将淀粉质原料转化成葡萄糖的菌类。糖化力强,繁殖速度快，热稳定性良好，耐酸，耐酒精，耐酒精,不产或少产可降低甲醇生成量的果胶酶。在酿酒工业中常用的有曲霉、根霉、拟内孢霉、红曲霉和毛霉等。
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细菌：其代谢产物对白酒、黄酒和葡萄酒的香型和风味具有特殊作用。在发酵酿酒过程中，适当引入细菌还能克服白酒后味不足的缺点。在酿酒工业中常用的细菌有乳酸杆菌、醋酸菌、丁酸菌等。