夏商时期为百濮地,《华阳国志》载: “越嶲郡会无为濮人居地,有濮人冢”,《史记-楚世家》说:“(楚武王)于是始开濮地面有之,建宁郡南有濮夷,濮夷无君长总统,各以邑落自聚,故称百濮也”。三峡地区是中国主要岩盐产区,由于盐是古代重要的硬通货之一,由此在商朝至西周时期巫山地区催生了巴国文明。
魏晋南北朝时期,巴郡先后是荆州、益州、巴州、楚州的一个辖区。西晋巴郡改属梁州。东晋十六国时,巴郡为成汉所辖,今重庆东部则为东晋巴东郡管辖。桓温讨伐李势,朱龄石平定谯纵,皆经由江州入益州。
明洪武四年(1371年),朱元璋灭大夏国,复改为重庆府,隶属于四川承宣布政使司。整个明朝,今重庆直辖市所辖地区依旧分为重庆府和夔州府。重庆府辖2州、11县、1厅,包括巴县、江津、长寿、永川、荣昌、綦江、南川、合州、涪州、铜梁、大足、璧山、定远、江北厅。
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民国十八年(1929年),重庆正式建市,编制为国民政府二级乙等四川省辖市,首任市长潘文华。水陆总面积93.5平方千米,人口28万。
1997年3月14日,八届全国人大五次会议批准设立重庆直辖市,撤销原重庆市。重庆直辖市辖原重庆市、万县市、涪陵市和黔江地区;共43个区市县,面积82402.95平方千米,3002万人。