《神奇宝贝》甲贺忍蛙在第七集中进化的,忍者村发生了叛乱,小智一伙人随之被卷入其中,叛忍的头目景友想要抓住忍者村的头领半藏,逼他让位。
忍者村为了夺回首领,展开了战斗,小智为了好友三平决定加入这支战斗队伍。
在前进的路上,他们遇到了强敌兵太夫,兵太夫使用的劈斩司令曾经打败过小智的呱头蛙和皮卡丘,小智不想自己连续输在兵太夫手中两次,于是使用了呱头蛙、皮卡丘和三平的甲贺忍蛙三只神奇宝贝一起攻击劈斩司令。
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但是还是打不过对方,皮卡丘受到的伤害最多,很快倒地不起,非常可怜。
劈斩司令并不就此停手,兵太夫也看出了皮卡丘的潜力,让劈斩司令乘胜追击,对皮卡丘进行残忍的攻击。三平的甲贺忍蛙已没有战斗力,就躺在皮卡丘身边,为了保护同伴,它吃力地爬起来,用手刀挡住了劈斩司令的影子钩。
在这个时候,进化之光来了,呱头蛙完成了最终进化,成了忍者贺蛙。