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苍蝇出现于白垩纪，距今1亿4550万年至6550万年前。从缅甸一座矿井中发现的一块形成于大约1亿年前的琥珀，里面有一只被完整封存下来的远古苍蝇。
苍蝇属于双翅目环裂亚目蝇科。
双翅目昆虫与长翅目、毛翅目、鳞翅目、蚤目皆起源于蝎蛉类复合体,由共同的祖先演化而来。
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双翅目下分直裂亚目与环裂亚目。其区别为自蛹羽化为成虫时。蛹皮裂口形态不同。直裂亚目为蛹背部直接裂开，成虫羽化而出，如蚊类。
环裂亚目为蛹前端环形裂开，成虫羽化而出，如蝇类。
直裂亚目出现较早，最早的化石标本发现于侏罗纪，距今约1亿9960万年到1亿4550万年前。
环裂亚目出现较晚，化石发现于白垩纪，距今1亿4550万年至6550万年前。