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拭子用于医疗行业，比如采集人体口、鼻、咽喉、宫颈等液体微生物、ＤＮＡ、病毒细菌等。
棉签用于工业清洁，如擦拭摄像头镜头、很小的缝隙、硬盘、磁头、显微镜、仪器仪表、光学光电产品、打印机头。
拭子是专门用于样品采集，棉签也可以用于样品采集，但是两者采集样品的数量和采集效果是不能相提并论的。
棉签的种类：
棉签的种类很多，有无尘擦拭棒，洁净棉签，医用棉签，即时涂棉签。
无尘擦拭棒与棉签有着本质区别，棉签头材质是棉花，无法进行无尘洗涤处理，且在擦拭的过程中，有可能被刮擦掉屑。而无尘擦拭棒，头的材质分为海绵头和布头两种，都是经过无尘处理且在无尘室内净化包装，所以高等级的无尘环境，所用的擦拭耗材必定要达到百级以上，那只有擦拭布和擦拭棒才可以符合要求，而擦拭纸和棉签，只可以用在普通环境下进行产品擦拭了。
洁净棉签是精确洁净擦拭应用的唯一选择，可在生产过程的特殊环境中（擦拭布无法擦拭）消除污染物和保持清洁。擦拭后化学残留物含量低。可燃，易处理，对环境无害环保。大部分的清洁棉签是导电级的，可保持操作者和工具接地。适用１０级净化车间，包装各有不同。
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医用棉签适用于皮肤或外伤的清洗和消毒。
即时涂棉签，包括棉签棒以及固定在该棉签棒一端的棉花头，所述的棉签棒为空心棒，其内部贮存药水，所述的空心棒固定棉花头的一端设有用于封住药水的油封，其另一端设有端封。与现有技术相比，采用了空心棒贮存药水的结构，使得棉签本身就带有药水，即开即用，方便快捷。它适合作为医院、家庭、学校、宾馆的必备卫生用品，也非常适合在旅游时使用。