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1、青枯病
此病多发生在开花结果期，而且发病急、蔓延快，往往植株成片青枯死亡。发病初期首先是顶端叶片萎蔫下垂，然后是下部叶片凋萎，最后才在中部叶片发病。也有的病株在一侧萎蔫或整株叶片同时萎蔫。发病初期白天萎蔫，傍晚恢复，一般7～8d死亡。病叶浅绿，病茎表面粗糙，茎中下部增生不定根或不定芽。维管束变褐，手压茎横切面，可见白色菌液流出。
2、枯萎病
一般自结果初期开始发病，发病初期只在病茎一侧自下而上出现凹陷，致一侧叶片发黄，有时也半边叶片或半边花序发黄。开始中下部叶片在中午前后萎蔫，而早晚尚可恢复，以后随着病情的加重，叶片自下而上变黄，根部软腐，一般经过15～30d枯死。近地面茎基部呈水渍状，高湿时会产生粉红色或蓝绿色霉状物。纵剖病株基部，可见维管束变褐。挤压茎秆横断面，无乳白色粘液流出，别于青枯病。
3、疫霉根腐病
一般结果以前发病，发病初期茎基部或根部产生褐色病斑，逐渐扩大后凹陷，严重时病斑绕茎或绕根1周，茎叶萎蔫，进而全株萎蔫。拔出病株可见粗根变褐，细根腐烂。剖开病根茎，可见一段维管束发生变褐，不长新根，植株逐渐枯萎死亡。此病主要是定植后地温低，土壤湿度大，且持续时间长，或遇连阴天放风不及时，形成高温高湿条件造成的，尤其是大水漫灌后加重该病的发生和蔓延。
4、茎基腐病
定植前后至结果期均可发病，发病初期茎基部皮层生有暗褐色斑点，逐渐扩展成病斑，叶片变黄，晴天中午前后出现萎蔫现象，当病斑绕茎基部1周，表皮层腐烂，病株即可死亡。后期叶片为黄褐色枯死，病叶残留在枝上一般不脱落。拔出病株，根系并不腐烂，剖开病茎基部，可见木质部变为暗褐色。后期病部常形成黑褐色大小不一的菌核，别于早疫病。
5、土壤湿度大
由于冬季大棚内温度低，湿度相对较大，植株叶片的蒸腾量小，大量浇水造成地温过低，土壤通气性不良，引起沤根的现象。
6、夜温低
根系生长的适宜温度为20～30℃，低于13℃生理机能下降。长期13℃植株生长不良，6～8℃停止生长。大棚内夜间气温应保持在15℃以上才能保证地温在20℃以上。
7、昼夜温差大
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番茄结果期的适宜温度，白天为25～28℃，夜间为16～20℃。当长时间夜间温度低于15℃，且日温高于30℃时，地下部根系受损，地上部蒸腾过大，从而引起植株萎蔫。