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去除杂草稻的主要措施是种子净化、人工拔除、使用除草剂及深翻压埋，对于发生数量较少的田块，可分批拔除，7月底以前一定要拔除干净，杂草稻发生较重的田块，应在上茬作物收获以后进行10厘米以上的深翻，杂草稻特别严重的田块,建议改种1~2年旱作物,并将田里的杂草稻及时拔除。
杂草稻的发生,实际上是一种水稻的杂交遗传返祖现象。基因漂流是杂草稻产生的重要原因。一般由野生稻和栽培稻的粳稻、籼稻经自然或人工干预远缘杂交演变而来,因基因重组或回复突变而产生返祖遗传的野生性状。由于杂草稻的谷粒休眠性极强,落在地里的谷粒在第二年,甚至第三年、第四年都能发芽生长。它可以通过鸟类、人为、机械翻耕带土四处传播,免耕稻田有利于杂草稻的生长。
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