在第一集中,新一为了追查黑衣人,没想到被背后的同伙集中晕倒,被灌下APTX4869后变成柯南。
工藤新一因为目击黑衣组织的交易被发现而遭毒手,被灌下APTX4869(组织研发的药物)后导致身体缩小至7岁左右。新一担心自己的事会危及周围人的安全,而在阿笠博士的帮助下隐藏真实身份,化名江户川柯南,寄住在与自己青梅竹马的女友毛利兰家中,转学至帝丹小学一年B班,与吉田步美、圆谷光彦、小岛元太成为朋友,四人组成了少年侦探团。
柯南后来住在小兰家中,希望借助小兰的父亲毛利小五郎侦探的身份追查组织,可是小五郎却是个“迷侦探”。柯南只得借助自己没有减退的推理天份帮助小五郎破案,但因为身体变小导致办案时不便,危险性也增加,因此阿笠博士为他发明了手表型麻醉枪和领结型变声器等道具。
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