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灭菌程度是一次性口罩灭菌与非灭菌的主要区别，虽然两者都要求在10万级以上的无菌车间生产的，但是灭菌型口罩的灭菌程度和标准会远远大于非灭菌型，且生产灭菌口罩车间的无菌级别会高于非灭菌型。无菌型和非无菌型除最后的灭菌工序外，从原材料到生产工艺要求都是完全相同，其它指标如过滤效率等指标都是同样要求。
目前，医用口罩的灭菌都是采用环氧乙烷EO灭菌，环氧乙烷由于易燃易爆且为致癌物，又是呼吸道防护品，必须在EO灭菌后有7-14天的解析器，直至环氧乙烷残留量降到10ug/g下。
主要是因为在例如ICU、手术室等需严格控制微生物环境的医疗场所需要进入的东西都是无菌的，而不至于引发病患的其它细菌型感染。而非无菌不能用在微生物指标有严格要求的环境中，但是对于日常公众的防护需求是足够安全满足的。并且，各种灭菌处理都会大幅度降低口罩的静电作用，所以无菌的过滤效果反而会比非无菌更低一些。
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