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mRNA，tRNA，蛋白质，酶可以通过核孔。核孔可以让蛋白质和RNA进出，但不是自由进出，而是双向性的主动选择。核孔上具有核孔复合体（NPC），能介导蛋白质的入核运输和mRNA的出核转运。
可以通过核孔的物质可以通过核孔的物质：mRNA，tRNA，蛋白质，酶。因为mRNA在细胞核中形成，而要合成蛋白质要在细胞质中，所以mRNA要出来，还有tRNA也一样。
mRNA和tRNA分别在核基质和核仁中合成，然后再由核孔进入细胞质基质，参与蛋白质的翻译过程。组成核糖体的rRNA和大小亚单位蛋白质也是在核仁中合成的，然后再由核孔进入细胞质，在细胞之中完成核糖体的组装。
此外，还有很多酶和很多小分子物质都能自由进出核孔的。
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