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危害：各遗传病发病率大大增加。
近亲繁殖（近亲结婚）会使得这些隐性等位基因有更多的相遇机会，并且产生遗传上的异常。与非近亲繁殖（非近亲结婚）相比，二级近亲的风险增大8倍，一级近亲的风险增大31倍，同胞通婚的风险率则是正常随机婚配的125倍。
据世界卫生组织估计，人群中每个人约携带5~6种隐性遗传病的致病基因。
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在随机婚配（非近亲婚配）时，由于夫妇两人无血缘关系，相同的基因很少，他们所携带的隐性致病基因不同，因而不易形成隐性致病基因的纯合体（患者）。而在近亲繁殖时，夫妇两人携带相同的隐性致病基因的可能性很大，容易在子代相遇，而使后代遗传病的发病率升高。
近亲繁殖近亲繁殖：是指血统或亲缘关系相近的两个个体间的交配,即两个基因型或相近的个体之间的交配。
近亲是指直系亲父母与子女，祖父母与孙子女，外祖父母与外孙子女，和三代以内旁系血亲，兄弟姐妹、堂兄弟姐妹、舅、姨、姑、叔等。