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首都医科大学建校于1960年，是北京市重点高等院校，“卓越医生教育培养计划”试点高校，著名泌尿外科专家、两院院士，全国人大常委会原副委员长吴阶平教授为首任校长和终身名誉校长。
截至2014年3月，学校有全日制在校生9770人，其中研究生2741人，长学制学生1534人，本科生3009人，高专高职生2077人，留学生409人，成教学生4551人。学校和附属医院的总建筑面积224、4万平方米，固定资产总值160.1亿元，教学科研仪器设备总值28、8亿元，图书馆藏书126、7万册，住院病床16555张。
首都医科大学校本部设有基础医学院、公共卫生与家庭医学学院、化学生物学与药学院、生物医学工程学院、中医药学院、卫生管理与教育学院、护理学院、燕京医学院、继续教育学院及国际学院。学校拥有14所临床医学院（其中13所临床医学院是附属医院）。
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