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公司注销留抵税额如何处理：
财政部《国家税务总局关于增值税若干政策的通知》(财税[2005]165号)规定：“一般纳税人注销时，其存货不作进项税额转出处理，其留抵税额也不予以退税。”
由于增值税是价外税，增值税留抵税额未纳入企业会计损益核算，如果企业处于正常经营状态，留抵税额实际上具有一定的“资产”特征，可以减少其纳税义务。但根据财税[2005]165号文件精神，企业清算时增值税留抵税额不能抵税，只能将其转入存货的成本。
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企业清算是处置资产、清偿债务、投资者收回资本的过程，增值税留抵税额在资产负债表中“应交税费”科目核算，属于“应交税费”的负数余额。