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南京农业大学在校本科生在完成大学一年级课程，进入二年级之前，符合以下条件之一者，即可申请转专业：
1、在某一学科方面确有特长的学生；
2、因为身体健康原因，经学校指定的医疗单位检查证明不能在原专业学、但尚能在本校其他专业学习者；
3、通过转专业能有利于学生自主学习成材，且参加学校的选拔，选拔合格者。
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转专业申请时间和申办程序：
1、学生转专业每学年集中审批一次，申请时间在每学年第二学期的最后两周；
2、教务处于每学年第二学期末，根据转入专业的办学条件，分文、理科向全校公布转入专业的接受名额；
3、学生本人向所在学院提出申请并填写《转专业申请表》，由学院审核同意后统一报教务处。