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古生物学界的一部分学者认为，蛇是由陆地蜥蜴的一个分支进化而来的，在进化的过程中，脚逐渐退化消失了，而身子则变得越来越细长。
另一种流行观点则认为蛇的前身是海蜥蜴，后来海蜥蜴的一支开始在陆地上生活，进化成蛇。但真正获得能说明问题的证据在1997年，古生物学家对在色列出土的大约9千万年前的化石进行了分析，最终认定这些化属于蛇的远祖。据科学家介绍，这块名为“帕奇瑞斯”的化石拥几处与蛇相同的特征：比如细长的身体和独特的头骨等。
研究人员发现，远古蛇类与今天的蛇看起来十分相像。对三英尺长的“哈斯欧非斯”化石的研究表明，张大嘴巴吞下比自己的头和身体大得多的猎物，但这同时说明化石中的动物或许是蛇，但绝不是原始的蛇。对化石的分析结果又将争论带回到了起点。
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总之，蛇的祖先原先栖生于水里，继而褪化去了腿，终于爬了出来。有些也会回归大海，成为今天的另一分支—海蛇。