物理方法中主要是温度控制、湿度控制，微生物生长繁殖必须具备一定的温度和湿度。一般说，低温、干燥不利于微生物生长，甚至能够杀灭微生物。所以可以用低温和干燥控制微生物生长繁殖，酸度过高或过低、渗透压过高或过低也能控制微生物生长繁殖；化学方法中主要有营养物质控制和化学物质抑制两种，微生物没有必须的营养物质就无法生长繁殖。如控制碳源、氮源、微量元素或必须的维生素等，都可以抑制或控制微生物的生长繁殖。
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