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灰指甲原因一：个人生活卫生习惯。喜爱运动的人患灰指甲的概率比常人要高，个人生活卫生习惯和灰指甲有着直接的联系。前文提到的小丽，长期胡乱穿拖鞋，不注意卫生，有可能就被真菌“趁虚而入”，这个“坏习惯”和灰指甲的产生有密切的联系。
灰指甲原因二：周围环境因素。灰指甲发病的重要条件是气温高、湿度大，所以相对于冬季、旱季而言，夏季以及雨季成为了灰指甲的高发季节，而部分耐旱抗寒的癣灰指甲菌无论是什么季节其发病率都很高，另外，患者的生活、工作环境也是导致灰指甲发病的一个重要原因，例如密闭、闷湿的地方其发病率要比通风良好的地方高。
灰指甲原因三：个体遗传因素。遗传因素是导致灰指甲持续不愈的另一个重要因素，其发病原因和常染色体显性遗传相关。
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灰指甲原因四：女性妊娠期。产妇在妊娠期间，由于体内的内分泌紊乱造成抵抗力下降，容易出现指(趾)甲营养不良的现象从而促使真菌感染，引起灰指甲。
灰指甲原因五：药物影响。长期服用抗生素、免疫抑制剂、皮质类固醇制剂等药物会使人体的正常菌群失调，造成真菌大量繁殖而导致灰指甲。