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色素提取的原理：色素可以溶解在有机溶剂中。用有机溶剂浸提，然后再经过滤、减压浓缩、真空干燥精制等工艺过程得到最终产品。提取色素所用的溶剂根据色素的性质、所用原料等情况有不同的选择，常用的有水、酸碱溶液、有机溶液，如乙醇、丙酮、烷烯烃、苯等，油脂类及二氧化碳等。
因为不同色素在有机溶剂中的溶解度不同，所以在层析液中溶解度大的，随层析液上升快，所以四种色素会分开。
按化学性质来说，叶绿素是叶绿酸的酯，在碱的作用下，可使其酯键发生皂化作用，生成叶绿酸的盐，能溶于水，但由于它保留有Mg核的结构，仍保持原来的绿色。
而类胡萝卜素中，胡萝卜素是不饱和的碳氢化合物，β—胡萝卜素水解可生成2分子维生素A，叶黄素是由胡萝卜素衍生的二元醇，不能与碱发生皂化反应，根据这一点，可以将叶绿素和类胡萝卜素分开。
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