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1、科属不同
毒芹是伞形科，毒芹属的多年生草本植物，高可达100厘米。主根短缩，支根多数，根状茎有节，茎单生，直立，叶鞘膜质，抱茎。
水芹是叶形科，水芹属多年生草本植物，茎直立或基部匍匐。基生叶有柄，基部有叶鞘；叶片轮廓三角形。
2、分布不同
毒芹分布于中国黑龙江、吉林、辽宁、内蒙古、河北、陕西、甘肃、四川、新疆等省区。俄罗斯的远东地区、蒙古、朝鲜、日本已有分布。生于海拔400-2900米的杂木林下、湿地或水沟边。
水芹分布于中国各地。于印度、缅甸、越南、马来西亚、印度尼西亚的爪哇及菲律宾等地也有分布。
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3、作用不同
毒芹含有毒物质毒芹素和毒芹碱，牲畜误食会引起中毒。加热与干燥可降低毒芹毒性。毒芹毒素主要让中枢神经系统兴奋。
水芹为高产的野生水生蔬菜，以嫩茎和叶柄炒食，其味鲜美，水芹盛产期在春节前后，正值冬季缺菜季节，在蔬菜周年供应上有较大的实用价值。