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哈士奇眼睛的颜色有茶色、蓝色和鸳鸯眼。
哈士奇眼睛的颜色与遗传有关，哈士奇的眼睛为双褐色眼时，为显性遗传，为双蓝眼时，是隐性遗传。哈士奇的眼睛理论上存在75%双褐眼和25%双褐眼，还有100%双褐眼的几率，也存在100%的双蓝眼的可能，还存在75%双褐眼25%双蓝眼的可能，还有双存在100%的双蓝眼的可能，还存在75%双褐眼25%双蓝眼的可能，还有双褐眼双蓝眼各占50%的几率。但哈士奇的眼睛还存在一个染色体不稳定遗传的几率，即出现鸳鸯眼的情况。按照基因表现，眼睛为黑白色系相当于双褐眼是显性遗传，咖啡色系相当于双蓝眼是隐性遗传，灰白色系相当于鸳鸯眼是不稳定染色体遗传。
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