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电子显微镜可以看到分子。电子显微镜的分辨率为0.2纳米。
电子显微镜缺点：
1、在电子显微镜中样本必须在真空中观察，因此无法观察活样本；
2、在处理样本时可能会产生样本本来没有的结构，这加剧了此后分析图像的难度；
3、由于电子散射能力极强，容易发生二次衍射等；
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4、由于为三维物体的二维平面投影像，有时不唯一；
5、由于透射电子显微镜只能观察非常薄的样本，而有可能物质表面的结构与物质内部的结构不同；
6、超薄样品，制样过程复杂、困难，制样有损伤；
7、电子束可能通过碰撞和加热破坏样本；
8、此外电子显微镜购买和维护的价格都比较高。