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生蚝生吃有寄生虫的，所以海鲜最好不要生吃。
生蚝生吃的风险主要有三个方面：微生物致病菌污染、重金属污染、贝毒素污染。
可以用来生吃的生蚝一般要求生长在一级水域；二级海域的水产品就只适合熟食了；三级海域一般只能适合游泳，在对食品有规范管理的国家是不可以用这样的水域养殖或捕捞水产品食用的；如果是四级海域游泳都是不合适的了，一般这样的海域只适合做码头。
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由于我们国家在海域管理方面比较薄弱，导致近海污染非常严重。1997年7月美国就以海域管理不对等为由，禁止进口中国牡蛎；与此同时，欧盟也颁布386法规禁止中国生蚝进口。
微生物致病菌污染是可以通过煮熟避免的，重金属污染容易被人忽视。生蚝是一种滤食性生物，有比较强的重金属蓄积能力，而常规的烹调方法是不能消除重金属危害的。贝毒素和微生物、重金属一样并不是生蚝产生的，而是环境影响造成的。贝毒素主要是生蚝摄食了受污染富营养化的海水中一些藻类，贝毒素因此蓄积。贝毒素主要有麻痹性贝毒素和腹泻性贝毒素，这些毒素超标不仅不能用于生食，熟食也是不可以的，因为高温不能破坏贝毒素。