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儿童期血清AFP含量检测：肝癌，肝母细胞瘤，性腺畸胎母细胞瘤，肝炎等AFP含量增高。
成人血清AFP含量检测：60%～70%原发性肝癌患者AFP含量增高，睾丸癌，卵巢肿瘤，恶性畸胎瘤，胰腺癌，胃癌，肠癌，肺癌等患者AFP含量也增高。
急慢性肝炎、肝硬化等良性肝病患者血清AFP水平有不同程度升高，但大多低于1000ug/L，其升高与肝细胞坏死和再生程度有关。
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一般良性肝病AFP含量增多是一过性的，一般持续2-3周。而恶性肿瘤则持续性升高。因此，动态观察血清AFP含量既可鉴别良性和恶性肝病，又可早期诊断肝癌。
生理情况下，甲胎蛋白由新生的幼稚肝细胞分泌，胎儿的肝细胞没有发育（分化）完全，分泌的甲胎蛋白量很大，可通过脐带血进入母体血液中，所以妊娠期孕妇的甲胎蛋白会呈阳性。