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芒果有黑点主要是以下几种原因形成的：
化学原因：芒果摘果的时候果胶流到果皮上，果胶腐蚀果皮，导致芒果的酚类物质氧化，形成黑点，黑点一般都比较小个，没有影响到果肉，因此不影响食用。
物理原因：在储运过程中，器械损伤、压伤、冻伤，导致果皮破损，空气中的氧气跟芒果的酚类物质发生化合反应生成黑斑，一般在果皮上，不影响食用。
生物原因：芒果炭疽病，炭疽病在采果前25天以及采果后30天是发病高峰，炭疽病菌一般是在开花或者坐果的时候潜伏下来，有些芒果的抵抗力比较弱，所以在采摘前就发现了，这样果会被遗弃掉，但是有些果抵抗力比较强，在果子后成熟阶段，果子抵抗力变低，潜伏的炭疽病发作，形成黑斑，这个时候的芒果已经成熟了，所以比较甜，就会让很多人误认为出现黑点是芒果成熟的标志，后成熟的芒果发生的炭疽病一般发生在果皮，对果肉没有影响，同样不影响食用。
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长在芒果蒂上的黑斑叫做蒂腐病，病变部位发生在果蒂周边，呈现黑色斑块，如果病害严重会直接造成芒果腐坏，这个时候的芒果不能食用。