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生物工程专业国内比较好的大学有如下；
1、清华大学：教师队伍年轻，多是一流名校海归，方向新颖前沿，创新性强，很多的管理体系、激励制度与国际接轨，并且规模仍在不断扩展；
2、北京大学：该校的生物医学工程系从建系之初就致力于在工程科学的范畴内进行生命科学和医学的前沿研究，迅速地建立了研究生教育教学体系，并在生物医学工程研究方面取得了重要的进展，并且拥有一支朝气蓬勃的中青年科研队伍；
3、浙江大学：是中国著名顶级学府之一，中国“学科最齐全”、“学生创业率最高”的大学，教学模式是基于知识、能力、素质俱佳的人才培养目标，实行宽基础复合型人才培养和英才教育并举的方针；
除以上学校外，国内还有中国农业大学、吉林大学、厦门大学、西安交通大学、中国科技大学、复旦大学、上海交通大学、四川大学、南京大学、南开大学、武汉大学等学校的生物工程专业都比较好。
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