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鼻咽拭子和口咽拭子只是取样的路径不一样，经口取样是口咽拭子，经鼻取样为鼻咽拭子。但由于口咽拭子张口就能进行操作，相对简单，因此临床上比较常用，但取样者暴露的风险更高。为何选择进行鼻咽拭子培训，而非口咽拭子培训，虽然经口取样的口咽拭子最为常用，但这一操作也是一个高风险操作，操作者往往需要正对患者口腔，采集过程中患者容易出现刺激性干咳、呕吐等症状使采集者暴露在带病毒的气溶胶中。鼻咽拭子相对口咽拭子有以下几个优点：
1、可以在咽部停留较长的时间，以便获得更足量的标本，这也是文献报道其阳性率高于口咽拭子的原因。
2、患者耐受性好，熟练操作后基本可以在不麻醉的情况下取样，但初学时可先进行鼻腔粘膜的表面麻醉和收缩。
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3、取样者的暴露风险相对口咽拭子更低，因为取样时我们取样者是可以站在患者侧后方操作，且要求患者下拉口罩仅露出鼻孔，遮住口腔，不需直视患者口腔,而且基本不出现咽反射，少许患者取样后可能出现喷嚏反射，患者可用手肘或纸巾遮挡，且因为取样者不在患者正前方，暴露风险相当更低，这样取样者的心理压力也不会那么大。